Prediction of pI(isoelectric point) of protein
等电点 Isoelectric point是分子在溶液中不带电荷时的pH值,一般简称pI,pH(I),IEP. 等电点对电泳, 蛋白电泳/跑胶都十分重要.
一个只含有一个羧基和一个氨基的氨基酸等电点近似为:
对于蛋白等电点预测,一般都使用Henderson-Hasselbach equation来计算某pH下蛋白电荷.
- 对于负电荷氨基酸:;
- 对于正电荷氨基酸:.
- 酸性AA:pka小到大:D(Asp, alpha酸),E(Glu,beta酸),C(Cys, -SH),Y(Tyr,酚);碱性AA:pka小到大:H(His,咪唑),K(Lys,4C-胺),R(Arg,3C-胍).
- 蛋白氮端(N-terminal, 含有-NH2)和碳端(C-terminal.含有-COOH)也要被考虑
- 在计算中, 要主要是否修饰,包括磷酸化,甲基化,NC端封端(-Ac或-OEt化一类)等情况进行修正.
- Cys的巯基可能会参与二硫键或被氧化而导致结果不同.
- 该些残基邻近有带电荷残基时亦会影响pI.